Il existe sept commissions :

- Commission de la formation et de l’insertion professionnelle
- Commission de la recherche et de l’innovation
- Commission des moyens et des personnels
- Commission de la vie de l’étudiant et des questions sociales
- Commission des relations internationales et européennes
- Commission juridique 
- Commission des questions de santé

Les commissions instruisent les dossiers et préparent les positions de la Conférence dans le cadre des orientations définies par le bureau . Elles peuvent aussi s’autosaisir de questions entrant dans leur domaine. Elles rendent compte de leurs travaux devant la CPU plénière, ou devant la CP2U.

1. Commission de la formation et de l’insertion professionnelle

La commission instruit les dossiers et prépare les positions de la Conférence sur l’orientation, la formation, le suivi et l’insertion professionnelle des étudiants. Elle favorise l’évolution des méthodes pédagogiques tant en formation initiale que continue, en enseignement présentiel et à distance dans l’objectif du développement de la formation tout au long de la vie.
Ses champs d’intervention prioritaire visent plus particulièrement l’amélioration de la lisibilité et de la qualité de l’offre de formation universitaire, la réussite des étudiants et leur mobilité afin de contribuer à l’évolution des qualifications. Elle contribue à l’appropriation par les universités des outils favorisant l’atteinte de ces objectifs tels que les European Credits Transfer System (ECTS), le supplément au diplôme, les démarches compétences, la validation des acquis de l’expérience (VAE). Elle intervient également sur l’évolution des systèmes de formation des enseignants.

2. Commission de la recherche et de l’innovation

La commission de la recherche étudie toute question relative à l’organisation, au financement, à la valorisation et à l’évaluation de la recherche et de la formation doctorale.
La commission de la recherche prépare et négocie la définition des relations contractuelles entre établissements universitaires et organismes de recherche publics. Elle contribue également au renforcement des partenariats avec le monde industriel.
En veillant à la qualité de l’affichage et de la diffusion des résultats de la recherche, tant au niveau national qu’international, elle affirme le rôle essentiel que jouent les laboratoires universitaires en matière d’innovation scientifique et technique ; la position des sciences humaines et sociales est examinée avec une attention particulière,
La commission de la recherche contribue à la constitution de consortia et plateformes scientifiques dont elle assure le suivi. Sur demande du Président de la Conférence, la commission émet des propositions en réponse aux consultations de la Conférence  par, notamment, le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la recherche, l’Agence Nationale de la Recherche, ainsi que l’Agence d’Evaluation de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur. La commission est engagée dans le suivi de la présence de la Conférence dans les alliances de recherche  et assure un rôle plus opérationnel, tant dans le portage d’appels à projets que dans l’évolution technique de dossiers. Elle coordonne par ailleurs des enquêtes et crée des outils d’aide au pilotage des établissements.
En liaison avec la commission des relations internationales et européennes et avec la délégation permanente de la CPU à Bruxelles, elle assure une veille permanente et, le cas échéant, une analyse politique, dans le domaine des appels d’offres internationaux et des programmes cadres de recherche et de développement de l’Union européenne.

3.  Commission des moyens et des personnels

Elle recueille l’information nécessaire et étudie les questions relatives aux ressources et aux charges des universités et établissements membres de la Conférence, en matière financière et en matière de ressources humaines, ainsi que dans les fonctions support telles que la gestion du patrimoine immobilier, ou l’informatique, les télécommunications et les systèmes d’information.
Elle suit également les questions d’aménagement du territoire en matière universitaire. La commission donne un avis sur les sujets relevant de sa compétence et peut confier à des groupes de travail spécialisés (finances, budget global, ressources humaines,...) le soin d’instruire certains dossiers, pour préparer sa réflexion et ses prises de position.

4. Commission de la vie de l’étudiant et des questions sociales

Elle instruit les dossiers, émet des avis et prépare les positions de la Conférence relatifs à l’environnement extracurriculaire de l’étudiant, c’est à dire aux conditions matérielles qui concourent à sa réussite académique et à son épanouissement personnel en tant que citoyen (accompagnement social, santé, logement, restauration, engagements associatifs, sportifs, participation à la démocratie universitaire, etc.). Cette mission participe de la création d’une communauté universitaire liée par le même sentiment d’appartenance et de fierté.
La commission traite également des conditions d’accueil de publics spécifiques, en particulier les étudiants handicapés, mais aussi les étudiants sportifs, engagés, salariés, étrangers...

5. Commission des relations internationales et européennes

Réaffirmée clairement dans la loi Libertés et responsabilités des universités (LRU) du 10 août 2007, la coopération internationale est une mission stratégique pour les établissements d’enseignement supérieur français. La commission des relations internationales et européennes instruit des dossiers, émet des avis  et participe à l’élaboration des positions de la Conférence   sur la politique de coopération universitaire internationale. La commission s’attache particulièrement à renforcer la place de l’Université française dans l’espace européen de l’enseignement supérieur et dans l’espace européen de la recherche.. En relation permanente avec les Conférences homologues étrangères, les pouvoirs publics concernés et toutes autres instances universitaires européennes et internationales, elle participe à l’insertion du dispositif français d’enseignement supérieur et de recherche  en Europe et dans le monde. La commission  contribue à l’élaboration des cadres généraux  et des outils pratiques pour l’accompagnement de l’internationalisation des établissements et de leur politique d’ouverture internationale : accords de reconnaissance mutuelle d’études et diplômes, soutien au dispositif des centres pour les études en France (CEF), soutien de programmes et structures de coopération universitaire, …

6. Commission juridique

Cette commission est chargée d’examiner les questions juridiques relatives aux établissements d’enseignement supérieur et de donner un avis. Elle mène et suit les négociations avec le Centre Français d’exploitation du droit de Copie (CFC) et le Syndicat National de l’Edition (SNE) concernant les droits d’auteur liés aux photocopies et à la numérisation des oeuvres protégées, d’une part, et elle conduit le partenariat avec la Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés (CNIL) visant à améliorer la connaissance de la loi “Informatique et Libertés” par les différents acteurs de l’enseignement supérieur et de la recherche, d’autre part. Elle apporte le cas échéant, son concours aux autres commissions pour l’examen ou l’élaboration de textes proposés par celles-ci.
Elle examine les modifications éventuelles à apporter au règlement intérieur de la Conférence.

7. Commission des questions de santé

Elle a connaissance de tous les sujets relatifs à la relation entre l’hôpital et l’université, ainsi qu’au fonctionnement institutionnel, pédagogique et scientifique des filières médicales et paramédicales à l’université et des unités de recherche du secteur de la Santé. Elle instruit ces dossiers en relation notamment avec les commissions de la formation et de l’insertion professionnelle, et de la recherche et de l’innovation, et propose à la Conférence les prises de position qu’elle estime nécessaires sur les dossiers relatifs aux questions des formations de santé — filières médicales et paramédicales -, de l’organisation de la recherche biomédicale et en santé publique, et aux relations entre les centres hospitaliers et les universités, dans leurs dimensions juridiques, de gestion financière et de gestion des ressources humaines.